Las actividades de la Fundación Severo Ochoa cuentan con el patrocinio de la Fundación Ramón Areces y del Banco de Santander, otorgado mediante sendos convenios de colaboración.
La Fundación Severo Ochoa ha suscrito sendos Acuerdos Marco de Colaboración con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas y la Universidad Autónoma de Madrid, instituciones de las que forma parte el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa.

Además tiene suscritos convenios de colaboración en las siguientes entidades e instituciones:

• Ciencia Contigo
• Fundación Ramón Areces
• Fundación Tatiana Pérez de Guzmán el Bueno
• Careside Co.
• Laboratorios Hipra
• Ataxia Uk
• Fundación Lair
• Vecol
• Millipore
• Pgc2018-098701-B-I00 (Feder)
• Laboratorios Leti
• Fundación Niemann Pick
• Fundación Alicia Koplowitz
• Convenio Npsuisse
• Asociación Española Contra El Cancer
• Club D’esports De Muntanya +Queuntrail
• Asociacion Española Síndrome Wolf-Hirschhorn
• Fundación Fero
• Fundación Universidad Autónoma Madrid
• VII Beca Fundación Unoentrecienmil
• Convenio Exman
• Deltalab S.L.
• Citrin Foundation
• Fundación Incliva
• Propionic Acidemia