Las actividades de la Fundación Severo Ochoa cuentan con el patrocinio de la Fundación Ramón Areces y del Banco de Santander, otorgado mediante sendos convenios de colaboración.
La Fundación Severo Ochoa ha suscrito sendos Acuerdos Marco de Colaboración con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas y la Universidad Autónoma de Madrid, instituciones de las que forma parte el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa.

Además tiene suscritos convenios de colaboración en las siguientes entidades e instituciones:

• Consejería de Educación, Juventud y Deporte
• Fundación de Lucha contra la Ceguera
• Fundación para la Investigación y Prevención del Sida en España
• Fundación de Investigación Mutua Madrileña
• Organización Nacional de Ciegos Españoles
• Laboratorios del Dr. Esteve, S.A.
• Roche Diagnostics, S.L.
• Genetrix, S.L.
• Laboratorios Ovejero, S.A.
• Diomune, S.L.
• Noscira, S.A.

Investigadores contratados por la Fundación Severo Ochoa dirigen los siguientes proyectos de investigación financiados por el Plan Nacional de I+D+i (Programa de Investigación Fundamental no Orientada):

• BFU 2009-08085 (Dr. Germán Andrés)
• BFU 2009-09117 (Dra. Begoña Aguado)